I gammel tid lå Klæbu prestegård under gården By. Navnet By betyr "gården" og var kjennetegnet på spesielt gode gårder med god jord. Fra 1810 ble deler av eiendommene Nyhus og By slått sammen og det offisielle navnet på prestegården ble fra da av Klæbu prestegård. Prestegården ligger rett nord for kirken fra 1790 og er et fredet anlegg som består av fire bygninger. Hovedbygningen er oppført i 1830-1840 etter mønster fra de ideelle prestegårdstegningene som Sverdrup/Linstows hadde utarbeidet for departementet. Bygningen er en stor to-etasjes laftet tømmerbygning med valmtak. Mellom 1897-1919 tegnet arkitekt G. Arentz flere forslag på Klæbu pg. Denne arkitekten var engasjert av Kirkedepartementet for å tegne presteboliger, og han står bak Meldal pg ( 1905), Børsa pg, Byneset og Bjugn som alle ligger i Trøndelag.
Den symmetriske fasaden på hovedbygningen skriver seg fra en påbygning etter 1921.
Freda bygninger
- hovedhus 1837
- forpakterbolig/herrehus
- eldhus/størhus 1838
- stabbur 1838
Opprinnelig var herrestue, borgstue (1780) og vedbod en lang sammenhengende bygning med ulik kledning og takhøyde. Idag står den gamle herrestua fra 1845 alene, men har fått ny funksjon som forpakterbolig. Stabburet med klokketårn på motsatt side, skal være oppført kort tid etter 1759. Eldhuset eller Størhuset har ukjent alder. Klæbu prestegård har vært en embetsgård, et hjem og et arbeidsted for prester i generasjoner. Gårdsbruket er skilt fra presteboligen og drives som et forpaktningsbruk, med korn og sau.
Utvalgt til Eidsvoll
I 1814 reiste sogneprest Jacob Hersleb Darre, på Klæbu, til Eidsvoll. Han var utvalgt til å representere Søndre Tronhjems amt på Riksforsamlingen. Han skrev dagbok fra forhandlingene, men deltok lite i debattene unntatt når det handlet om salg av kirkegodset. I ettertid mente han selv at han kunne tilskrives æren for at det benefiserte godset ( prestebordsgodset) ikke ble solgt for å bygge opp den selvstendige staten Norge.
Darre ble ikke valgt til det overordentlige storting og var heller ikke senere stortingsrepresentant. Resten av sitt yrkesaktive liv arbeidet han som sogneprest på Klæbu. Blant bygningene på prestegården i dag er det kun stabburet og eldhuset som er fra hans tid.
På Klæbu prestegård ble et av landets første lærerseminarer etablert i 1839, finansiert av midler fra OVF.