Eidsberg prestegård er knyttet til Eidsberg kirke, Østfolddomen. Prestegården er blitt kjent gjennom sogneprest Jacob Nicolai Wilse (1736-1801) som var en betydelig opplysningsprest i Spydeberg og Eidsberg rundt 1780. Ved siden av å være sogneprest og professor innen teologi, var han en betydelig reiseskildrer og topograf. Han ble den første som beskrev forholdet mellom meteorologi og topografi, noe som senere fikk navnet klimatologi.
Dagens prestebolig ble oppført etter Wilses virketid, antagelig rundt 1858. I 1964 fikk bygningen en oppgradering og fasaden ble endret da en ark ble bygget på langsiden mot haven. Presteboligen er blitt vurdert fredet, men hovedbygningen og prestegårdstunet ble overfor Eidsberg kommune i 1992 foreslått regulert til spesialområde bevaring etter Plan-og bygningsloven.
Gårdsdriften på prestegården er gammel. I dag driver fondet denne som et forpaktningsbruk. Gårdsbruket forvaltes i et langsiktig og helhetlig perspektiv. Både preste- og forpakterbolig med uthusbygninger, representerer viktig kultur-og prestegårdshistorie ved siden av kirken.